W MON, jak i w Dowództwie Sił Powietrznych brakuje dokumentów, które mogłyby potwierdzić przygotowania do wydania decyzji w tej sprawie, w tym przeprowadzenie analizy jej skutków, uwzględniającej nie tylko potrzeby obronne, ale także uwarunkowania prawne, ekonomiczne, ochrony środowiska, zagospodarowania przestrzennego, bezpieczeństwa ludności itd. NIK zwraca uwagę, na rosnącą liczbę roszczeń o wypłatę odszkodowań lub wykup nieruchomości. Obecnie sięgają one blisko 280 mln złotych.

Zbadanie procesu uzgodnień decyzji Nr 145/MON oraz zasadności wydzielenia lotniska Poznań-Krzesiny do infrastruktury NATO, uniemożliwił brak dokumentacji w tym zakresie. Kontrola NIK wykazała, że w lipcu 2005 r. wiceminister w MON został poinformowany przez Departament Kontroli MON o zniszczeniu w 1997 r. dokumentacji uzgodnień decyzji lokalizacyjnej, z naruszeniem przepisów resortowych w tym zakresie.

Ustalenia kontroli wskazują, że kwestie ochrony środowiska nie były uwzględniane przy wyborze lokalizacji baz samolotów wielozadaniowych. Świadczy o tym np. fakt, że „Program modernizacji i dostosowania infrastruktury lotnisk…”, opracowany przez Dowództwo WLOP w 2001 r., został negatywnie oceniony przez Departament Infrastruktury MON, m.in. wskutek nieuwzględnienia w tym programie uwarunkowań wynikających z ustawy z 27 kwietnia 2001 r. Prawo ochrony środowiska, w tym skutków emisji szkodliwego hałasu w rejonie lotnisk wojskowych.

W okresie od 1 stycznia 2006 r. do 30 września 2009 r. Wojskowy Zarząd Infrastruktury w Poznaniu, na podstawie wyroków sądowych, wypłacił właścicielom nieruchomości zlokalizowanych na obszarze ograniczonego użytkowania utworzonego wokół lotniska Poznań-Krzesiny odszkodowania, w łącznej kwocie 2007,6 tys. zł.

NIK zwraca uwagę na znaczną liczbę zarejestrowanych przez WZI roszczeń o wypłatę odszkodowań lub wykup nieruchomości. Liczba tych roszczeń stale wzrasta. Łącznie wpłynęły 1502 wezwania sądowe, z czego m.in.: 1222 dotyczyło roszczeń o wypłatę odszkodowań na kwotę 257,7 mln zł oraz 52 o wykup nieruchomości na kwotę 24,2 mln zł.