Według Najwyższej Izby Kontroli restrukturyzacja była nieprawidłowo przygotowana i realizowana. Niegospodarnie i nieefektywnie zarządzano majątkiem, zwłaszcza nieruchomościami oraz taborem autobusowym. W działaniach związanych ze sprzedażą majątku naruszano obowiązujące przepisy, podejmowano decyzje gospodarcze o negatywnych skutkach finansowych.

Odnawiając tabor autobusowy stosowano nieprzejrzyste zasady, skutkujące nieprawidłowościami w wymiarze finansowym oraz zarządzaniu. Zakup i sprzedaż autobusów i nieruchomości niejednokrotnie był realizowany w warunkach nierównego dostępu do informacji oraz przy dowolności w podejmowaniu decyzji zarówno co do nabywcy, jak i ceny sprzedaży.

Negatywna ocena dotyczy też wykonywania przewozów pasażerskich. Spółki i przedsiębiorstwa komunikacji samochodowej naruszały przepisy dotyczące zasad wykonywania przewozów, w tym zwłaszcza warunki udzielonych zezwoleń oraz obowiązki informacyjne wobec pasażerów. Nierzetelna była obsługa pasażerów.

Nie dochowano przepisów w zakresie informacji dla podróżnych, nie podejmowano działań podnoszących jakość usług przewozowych. W ocenie NIK, niepełne zrealizowanie w latach 2007-2010 niezbędnych zadań, ograniczenie inwestycji, utrzymywanie wyeksploatowanego taboru oraz wysokie koszty działalności, w warunkach występującej silnej konkurencji ze strony innych przewoźników, może stanowić zagrożenie dla dalszej działalności części podmiotów.

Spółki i przedsiębiorstwa PKS podejmowały próby pozyskania zleceń na przewozy, finansowane środkami publicznymi (głównie z budżetów samorządu terytorialnego).

Ze względu na duży tabor skutecznie uczestniczyły w organizowanych przez jednostki samorządu terytorialnego przetargach. Najczęściej pozyskiwano zlecenia na przewóz dzieci oraz sprzedaż biletów miesięcznych dla uczniów.

Wykonywanie przewozów w komunikacji regularnej, dofinansowanych przez samorządy, miało miejsce jedynie w 7 podmiotach (23 proc.) ze względu na brak zainteresowania taką współpracą ze strony wielu samorządów.

W trzech podmiotach stwierdzono brak należytych działań związanych z pozyskiwaniem zleceń na przewozy finansowane ze środków publicznych.

Na przykład PKS w Poznaniu SA nie uczestniczyła w przetargach na przewozy transportu publicznego, organizowane przez organy samorządu terytorialnego. Zarząd spółki wyjaśnił to tym, że przetargi te dotyczą przeważnie przewozów szkolnych, a takie przewozy odbywają się w tych samych godzinach, co szczyt przewozowy w rozkładzie jazdy spółki.

PKS nie dysponował - według tych wyjaśnień - wolnym taborem i kierowcami, nie był więc w stanie konkurować z innymi przewoźnikami. Wyjaśnienia te wskazują na brak właściwych działań restrukturyzacyjnych (niedostosowanie liczby kierowców do zadań przewozowych) oraz niewykorzystywanie potencjału posiadanego taboru.

Umowy ze szkołami oraz jednostkami samorządu terytorialnego zapewniają stałe przychody w dłuższym czasie i wpływają stabilizująco na poziom przychodów.