NIK w związku z ustaleniami raportu skierowała do prokuratury zawiadomienie o uzasadnionym podejrzeniu popełnienia przestępstwa przez funkcjonariuszy Ministerstwa Infrastruktury i GDDKiA. Miałoby ono polegać na wyrządzeniu szkody majątkowej w wielkich rozmiarach, w związku z nadużyciem przez nich uprawnień lub niedopełnieniem obowiązków służbowych.

Chodzi o system rozliczeń rekompensat za bezpłatne przejazdy autostradami samochodów, które miały opłacone tzw. winiety.

W Polsce do 2005 r. za przejazd autostradami pobierane były zarówno opłaty za korzystanie z dróg krajowych (tzw. opłaty winietowe), jak i opłaty za przejazd autostradami. System ten był niezgodny z prawem UE.

Z tego powodu wprowadzono przepisy zwalniające z opłat za przejazd autostradami samochody, za które uiszczona została opłata winietowa. Pojazdy te mogły poruszać się autostradami za okazaniem zakupionej karty opłaty drogowej, a spółce eksploatującej autostradę miała przysługiwać ze strony Skarbu Państwa rekompensata za utracone środki finansowe.

Jak wykazała kontrola izby, przeprowadzona od 15 października do 30 grudnia 2009 r., urzędnicy Ministerstwa Infrastruktury oraz Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad nie zabezpieczyli odpowiednio interesu Skarbu Państwa i nie zapewnili rzetelnego rozliczania rekompensat. "Z tego powodu z Krajowego Funduszu Drogowego przez okres kilku lat wypłacane były spółkom zawyżone kwoty, a ich ewentualny zwrot następował bez jakichkolwiek odsetek" - napisano w raporcie.

W przypadku autostrady A2 aneks do umowy dotyczący rekompensat zawarty z koncesjonariuszem od początku zawierał zapisy niekorzystne dla strony państwowej oraz niezgodne z obowiązującym prawem. Doprowadziło to do sytuacji, w której państwo wypłaciło firmie AW S.A. nadpłatę, sięgającą na koniec listopada 2009 r. ok. 170 mln zł.

NIK ustaliła, że w październiku 2007 r. podczas negocjowania nowej stawki refundacyjnej nie uzgodniono jej, czego wymaga ustawa o autostradach, z właściwym ministrem. Furtkę do takiej możliwości otwierały zapisy w aneksie do umowy z koncesjonariuszem z 14 października 2005 roku. Jednak zdaniem NIK były one niezgodne z obowiązującym prawem.

Dodatkowo ekspertyza zewnętrznej firmy doradczej wykazała, że cała umowa z AW S.A. dotycząca rekompensat zawarta została w 2005 r. w oparciu o nierzetelny model finansowy przedsięwzięcia. To doprowadziło do zawyżenia wypłacanych AW S.A. kwot już od samego początku działania systemu rekompensat.